História Podunajského múzea v Komárne sa začala písať v roku 1886, kedy bol založený Historický a archeologický spolok Komárňanskej župy a mesta Komárna, ktorého zbierkový fond tvoril základ neskoršieho múzea. Súčasné múzeum 6 stálych expozícií a eviduje vo svojich zbierkach viac než 130 tisíc predmetov.

Múzeum sídli vo viacerých budovách. Hlavnou budovou Podunajského múzea je Kultúrny palác, v ktorom sa nachádza expozícia s názvom "Historický vývoj Komárna a okolia od praveku do roku 1849 a národopis regiónu". Súčasťou je tiež stála výstava z tvorby významného komárňanského maliara, Karola Harmosa.

Ďalšou budovou múzea je tzv. Zichyho palác, v ktorom sa nachádza expozícia "Komárno 1849 - 1945" a expozícia "Významní rodáci Komárna: Mór Jókai a Franz Lehár".

Budova múzea na Palatínovej ulici ponúka návštevníkom Obrazáreň, v ktorej sú vystavené najkrajšie a najcennejšie umelecké diela zo zbierkového fondu múzea z obdobia od zač. 18. stor. do pol. 20. stor.

Do správy múzea patrí aj Bašta VI. V objekte je expozícia "Rímske lapidárium" s rímskymi kamenosochárskymi pamiatkami, ktorá je umiestnená v južnej časti bastiónu. Vysunutou expozíciou je Roľnícky dom v Martovciach, ktorý prezentuje ľudovú architektúru a bývanie v tejto malebnej obci.